善化區衛生所創始於民國40年4月1日成立，開始辦理衛生行政業務，民國49年時改由善化區公所管轄指揮之，但民國63年7月1日改隸於臺南市政府衛生局管轄。在官署建築方面，成立之時，借善化區公所一隅辦公，民國43年3月新建衛生所落成，民國70年又改建成2樓建築。民國99年12月25日縣市合併機關全銜更名為臺南市善化區衛生所。
【民國43年衛生所落成圖】
【衛生所現今外觀】
服務時間 :
星期一至星期五：上午8點至12點、下午13點30分至17點30分
服務項目 :
保健業務：綜合保健、行動醫院、長期照護業務、口腔癌、幼兒園健康管理、婦幼衛生、中老年疾病 防治、癌
症防治、肝炎防治、性病防治、精神衛生防治、國民營養、地段管理
醫療業務：醫師看診、藥品調劑、血液尿液常規檢查、性病檢驗.一般體檢、戒菸門診
防疫業務：傳染病防治(如腸病毒、登革熱、結核病防治)
衛生教育：宣導月活動、各種保健班講習及其他教育活動(用藥安全、菸害防制、肝炎防治、國民營養、愛滋
防治、毒品危害防制宣導……)
人口政策：優生保健、新住民未納健保補助申請
學校衛生：預防接種、寄生蟲防治、視力及聽力篩檢、齲齒防治
衛生訪查：食品、營養、職業、災害衛生改善、醫療院所管理、菸害防制、家戶衛生管理
行政管理：衛生統計、電腦管理業務
其 他：支援救護